自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 本片为同名美剧的第二部剧场版。
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小罗伯特·唐尼 克里斯·埃文斯 马克·鲁弗洛 克里斯·海姆斯沃斯 乔什·布洛林 保罗·路德 凯伦·吉兰 杰瑞米·雷纳 斯嘉丽·约翰逊 唐·钱德尔 布丽·拉尔森 布莱德利·库珀 泰莎·汤普森 汤姆·赫兰德 伊丽莎白·奥尔森 本尼迪克特·康伯巴奇 蒂尔达·斯文顿 格温妮斯·帕特洛 蕾妮·罗素 约翰·斯拉特里 查德维克·博斯曼 安东尼·麦凯 塞巴斯蒂安·斯坦 克里斯·帕拉特 汤姆·希德勒斯顿 佐伊·索尔达娜 丹娜·奎里拉 本尼迪克特·王 庞·克莱门捷夫 戴夫·巴蒂斯塔 利蒂希娅·赖特 伊万杰琳·莉莉 乔恩·费儒