哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"改造成为"Super X2"，此时哥斯拉在三原山里居然又开始活动，使得日本关东地区地震不断，并且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物死亡，于是白神博士便加入ANB计划，同时他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物结合制造了不死植物碧奥兰蒂，但是在一次的事件当中碧奥兰蒂被释放出来并且在芦之湖巨大化。此时三原山爆炸，哥斯拉再度出现，自卫队无法阻挡哥斯拉 往东京方向移动，后来出动了"Super X2"使哥斯拉改变移动方向，但是在哥斯拉不间断的攻击之下"Super X2也败下阵来，但是没有想到哥斯拉此时却朝着碧奥兰蒂的所在地移动.....
丹尼尔·雷德克里夫 艾玛·沃森 鲁伯特·格林特 迈克尔·刚本 玛吉·史密斯 汤姆·费尔顿 蒂莫西·斯波 罗伯特·帕丁森 梁佩诗 大卫·田纳特 马克·威廉姆斯 埃里克·赛克斯 詹姆斯·菲尔普斯 奥利弗·菲尔普斯 邦妮·怀特 克蕾曼丝·波西 加里·奥德曼 杰夫·劳勒 詹森·艾萨克 斯坦尼斯拉夫·雅涅夫斯基 罗伯特·哈迪 阿什莉·阿尔图斯 亚历克斯·帕尔墨 罗格·洛伊德-派克 希拉·艾伦 Su Elliot 大卫·斯特恩 玛格里·梅森 马修·刘易斯 罗彼·考特拉尼 威廉姆·麦灵 大卫·布拉德利 戴文·穆雷 艾芙
安东尼·伊洛特 克里斯·贾维斯 阿奎拉·佐尔 莎蒂·卡茨 罗洛·斯金纳 比利·阿什沃斯 Harry Belcher 乔·贾米纳拉 罗克珊·帕利特 拉多斯拉夫·巴瓦诺夫 丹柯约尔丹诺夫 Asen Asenov Kicker Robinson 塔莉塔·吕克-厄德尔 卢克·卡森斯
克里斯·埃文斯 斯嘉丽·约翰逊 塞巴斯蒂安·斯坦 安东尼·麦凯 海莉·阿特维尔 艾米丽·万凯普 罗伯特·雷德福 塞缪尔·杰克逊 寇碧·史莫德斯 卡兰·马尔韦 弗兰克·格里罗 斯坦·李 托比·琼斯 珍妮·艾加特 乔治·圣皮埃尔 盖瑞·山德林 阿兰·戴尔 黄经汉 阿德托库姆布斯·麦克马克 多米尼克·瑞恩斯